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De novembre 1939 à juin 1940, la vie de l'École est peu bouleversée; les bâtiments n'abritent que deux promotions au lieu de quatre.


Mais l'offensive allemande de mars 1940 va rapidement mettre un terme à cette routine Le 20 juin, les Navalais tentent de quitter leur École pour Casablanca mais en vain. Ce n'est qu'après une errance de quatre jours que l'École s'installe à Montpellier de juin 1940 à l'été 1943. Puis de retour à Bordeaux, l'École ne réintègrera le cours de la Marne qu’après plusieurs mois, en janvier 1945. Très vite, l'École va être marquée par les guerres d'Indochine et d'Algérie, 70 élèves et anciens élèves sont tombés au champ d'honneur en 1939-1945, 36 en Indochine.