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La création du corps de santé a pour origine essentielle l'ordonnance de Colbert de 1681 qui fit l'obligation d'embarquer un chirurgien sur des navires de la Marine.

    Deux autres mesures avaient accompagné cette ordonnance :
  • - création des hôpitaux maritimes dans les ports de Rochefort (1666 - 1688), Toulon (1674), Brest (1689) ;
  • - la création des Invalides de la Marine (système de protection sociale pour les gens de mer et leur famille).
  • l'école de Toulon  
    Les élèves y suivaient un cursus conduisant par concours au grade d'aide puis de chirurgien en second et enfin de "chirurgien entretenu".
     
    La période révolutionnaire rendit obligatoire le doctorat ; à partir de 1824, l'entrée à l'École exigea le baccalauréat. Ces trois écoles au XIX siècle auront une haute réputation, souvent désignées sous le nom d'Écoles de Santé Navale.

    Dans les années qui suivirent la guerre de 1870, le corps de Santé de la Marine va connaître une crise et un déclin de ses trois écoles. C'est en 1890 que le projet du Ministre Barbey fut adopté, projet prévoyant la création d'une École du Service de Santé pour la Marine puis d'une Faculté d'Etat et l'existence de trois annexes.